A prebiotikumok áthaladnak az emésztôrendszeren, és segítik a jó baktériumokat a fejlôdésben, a probiotikumok tápanyagai.
Ötéves, észt gyermekek körében, akik allergiások voltak, kevesebb Bifidobaktériumot találtak a székletükben, mint azoknál, akik nem voltak allergiások. A Clostridiumok aránya allergiásoknál nagyobb volt, mint a nem allergiásoknál, a Bifidobaktériumok aránya éppen ellenkezô volt. Japán gyermekek esetében, akik korán allergiások lettek, más Bifidobaktérium törzset találtak, mint a kontroll csoportban. Ebbôl is látható, hogy a probiotikumok hatással vannak az allergiára.
A tanulmányok többsége atópiás ekcémára (allergiás bôrgyulladással járó betegség) koncentrált. Néhány korábbi tanulmány kimutatta, hogy a probiotikumok enyhítették az atópiás ekcémát. Olyan eredmények is születtek, miszerint a placebót kapott kontroll csoportnál is enyhültek a klinikai tünetek. Sajnos különbözô pro-és prebiotikumokkal végeztek vizsgálatot, így nehéz kideríteni, hogy pontosan mely Lactobacillus vagy Bifidobaktérium törzs az, amely az allergiás tüneteket enyhíti.
A legnagyobb átfogó tanulmányban 1223 anya vett részt, akiknek nagy volt az allergiás rizikójuk. Mind a szülés elôtt az anyák, mind a szülés után két évvel a gyermekek probiotikumokat és prebiotikumokat kaptak. Sokkal kevesebb atópiás betegséget észleltek ennél a csoportnál, mint a placebót kapottakénál. 30%-al sikerült az atópiás dermatitist (bôrgyulladást) csökkenteni a probiotikumok és prebiotikumok adásával.
Más randomizált, kontrollált tanulmányban egyéb probiotikumot adtak a gyermekeknek közvetlenül a szülés után - váratlan eredmény született: Nôtt a túlérzékenység gyakorisága a placebóval kezelt csoporttal szemben.
A probiotikumok stimulálják a még éretlen immunrendszert, és enyhe gyulladást váltanak ki, amellyel az allergiás immunválaszt csökkentik. E baktériumok olyan szabályozó/ közvetítô anyagok kiválasztását serkentik, amelyek által az allergiás tünetek enyhülnek. Ez a hatás csak átmeneti, csak addig tart, míg a probiotikus baktériumok megtelepednek a belekben.
A Current Opinion In Allergy and Clinical Immunology szerint a probiotikumok növelik az IgA termelést, és megváltoztatják a bélhámsejtek átjárhatóságát. Az IgA jelentôsége abban rejlik, hogy semlegesíti a bél lumenében (nyílásában) található antigéneket, így csökkenti a bél antigén terhelését, valamint csökkenti az antigének átjárhatóságát a lumenbôl a bélhám felé.
A legújabb tanulmányok a probiotikumok és a prebiotikumok szerepét illetôen csak szerény eredményt mutatnak. A hatás változó, a különbözô törzsek alkalmazása, a kezelés hosszúsága és módja esetén. Megelôzésképpen probiotikumok adhatók a késôi terhesség idôszakában, illetve még sokkal késôbb is, szülés után, eltérôen a jelenlegi gyakorlattól.